Ông bắt đầu làm giám đốc bộ phận tài chính của Chính quyền tỉnh Phúc Kiến vào tháng 8 năm 1939. Trong nhiệm kỳ của mình, ông đã khởi xướng chính sách nộp tiền thuế đất cho nông dân với sản phẩm nông nghiệp của họ. Chính sách này sau đó được áp dụng trên toàn quốc trên khắp Trung Quốc và đóng góp đáng kể cho nguồn cung cấp lương thực quốc gia trong thế chiến II.[2]

Ông trước đó từng là Bộ trưởng Bộ Kinh tế, Bộ trưởng tài chính và Thống đốc tỉnh Đài Loan. Ông trở thành thủ tướng vào ngày 16 tháng 12 năm 1963.[3][4]

Năm 1966, Quốc hội Trung Hoa Dân quốc bầu ông làm Phó Tổng thống và tái đắc cử ông vào năm 1972. Ông trở thành Tổng thống thứ hai sau khi Tưởng Giới Thạch qua đời và sau đó kế nhiệm bởi con trai Tưởng Giới Thạch, Thủ tướng Tưởng Kinh Quốc. Sau nhiệm kỳ tổng thống, ông Yên là Chủ tịch Hội đồng Phục hưng văn hóa Trung Hoa và Chủ tịch Hội đồng Bảo tàng Cung điện Quốc gia cho đến năm 1991.